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区别在于一个是法人，一个不是法人，公司的资产属于本公司，股东在出资后只享有股权，而非财产权，公司因为有独立的资产，则在法律上就是独立的人，所谓法人，可以独立承担民事责任。而个人独资企业的财产与投资人是分不开的，因为个人独资企业没有独立的财产，不能独立承担民事责任，所以不具有法律上的人格，企业的责任最终还是要靠投资人承担，所以投资人负无限责任，可以说个人独资企业的实质就是个自然人。
因此，我国税法规定，公司缴纳企业所得税，而个人独资企业缴纳个人所得税。